近代史研究所人才青黄不接问题解决后，张海鹏马上又开始着手整治学术风气。他认为：“学术风气对于人才成长至关重要。”
国学夏令营分享：张海鹏在研究所大力提倡在坚持马克思主义正确方向下的双百方针。他说：“学术争鸣，要鼓励不同意见的学者、学派勇于发表自己的见解，参与争鸣。但这种争鸣不应该是轻率的，不应该是意气用事的，而必须建立在深入钻研的基础上。”
新中国成立以来，我国的历史学界，历来有“百花齐放、百家争鸣”的传统。最着名的例子，是郭沫若和范文澜关于历史分期问题的争论。他们在中国奴隶制和封建制的分期上有不同主张，一个主张“春秋战国之交封建说”，一个主张“西周封建说”。郭老组织学者编撰《中国史稿》，贯彻他的分期主张；范老则在《中国通史简编》修订本中坚持他的分期主张。“这样的争鸣，对于促进学者深入思考，推动历史学研究，起到了好的作用。”张海鹏认为。
张海鹏的研究方向是中国近代史。他认为，近代中国的历史进程说明，只有坚持社会主义方向，中国才能复兴；只有坚持马克思主义与中国实践相结合，中国才能破浪前行。但是，他并不主张在学术研究实践中到处引用马克思主义的只言片语。他主张学习唯物史观的基本理论，努力领悟唯物史观的方法论意义，在研究实践中，在百家争鸣中，运用这种方法论做解剖刀，去辨识历史事实，开拓学术视野，建立自己的学术观点。
身教胜于言传。张海鹏也经常与大家争鸣。所里的研究员马勇，与张海鹏的学术观点不同，甚至有时在公开发表的文章中相互批驳观点，但两人私下里还是好朋友，经常在一起聊天。“我比较欣赏海鹏，他把百家争鸣落到了点子上。”马勇说。
1997年，中国近代史研究大家、时任中国社会科学院院长的胡绳的着作《从鸦片战争到五四运动》在人民出版社出了修订版。书籍出版以后，他要张海鹏写一篇书评。张海鹏在书评中充分肯定了修订版的贡献，但也指出了修订版中存在的一些问题。“胡绳先生当时已经80岁了，身体不大好，未能改正书中的错误是可以谅解的。但是我作为书评者，不指出书中的错误也是不对的。”张海鹏这样说。
张海鹏的谦虚、严谨、刻苦、公正在研究所都是出了名的。在担任领导职务期间，他上班时间治所，业余时间治学，常常在办公室里看书着文，直至深夜。翻开他写的文章，在末尾总会发现“某年某月某日初稿（或修改）于凌晨几点”的字样。所里的青年人都说：“看看老所长办公室里的灯还亮着，我们能心安理得回家看电视吗？”
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